De acuerdo con el deseo de sus miembros fundadores, reflejado en el Acta Fundacional de la asociación firmada en Barcelona en 1996 y de acuerdo con la voluntad de todos sus asociados explicitada en la definición identitaria, Matres Mundi tiene un ideario basado, de forma resumida, en los principios contenidos en el siguiente decálogo:

1. Vocación Solidaria: Esta vocación se manifiesta, especialmente, en el terreno de la salud materno-infantil mediante la asunción de proyectos y programas de cooperación para el desarrollo en los países más empobrecidos de la Tierra. Esta es nuestro principal signo de identidad.
2. Acción Voluntaria: El capital humano de Matres Mundi está constituido por personas que colaboran voluntaria y desinteresadamente con la Asociación ya sea con aportaciones económicas o con la prestación de servicios.
3. Espíritu Humanitario: Matres Mundi defiende y hace suyos los valores humanitarios contenidos en la “Declaración Universal de Derechos Humanos” y la “Declaración de Barcelona sobre los Derechos de la Madre y el Recién Nacido”. Por lo tanto, Matres Mundi se compromete con la defensa de género (derechos de la mujer en general y de la mujer embarazada en particular) y los derechos de la madre y del niño.
4. Vocación transformadora de la Sociedad: Matres Mundi considera que,  además de la actividad de cooperación es necesario trabajar para la transformación de las causas de las injusticias entre Norte y Sur. En el Norte mediante tareas de sensibilización, respeto por las diferencias, desarrollo ecológico, consumo responsable, etc. En el Sur con el desarrollo de la autonomía organizativa de los pueblos receptores de la ayuda, desarrollo sostenible, etc. En ambos casos respetando la diversidad de culturas y creencias y buscando una relación de conocimiento mutuo entre los pueblos.
5. Ausencia de fines lucrativos: La totalidad de los recursos de Matres Mundi, tanto propios como procedentes de subvenciones se utilizan para conseguir sus fines específicos. Los mecanismos democráticos y participativos deben asegurar la transparencia en la gestión.
6. Independencia Económica: Matres Mundi desea mantener esta independencia frente a cualquier tipo de organización pública o privada. Los recursos propios conseguidos a través de las cuotas de sus socios, las subvenciones otorgadas por entes públicos y/o privados, las actividades promocionales, las donaciones y el trabajo de sus voluntarios aseguran tal independencia.
7. Independencia Ideológica: Matres Mundi se considera una organización apartidista y aconfesional y, por lo tanto, no vinculada a ningún credo religioso específico ni a ninguna opción política determinada. Su voluntad es actuar como un agente de cambio social, comprometido en la consecución de un mundo más justo y solidario.
8. Independencia Administrativa: Como consecuencia de su independencia económica e ideológica. Matres Mundi pretende una completa autonomía decisoria orgánica y funcional. Su actividad está regulada únicamente por la Ley y sus propios Estatutos. Este hecho nos permite evitar la subsidiariedad acrítica.
9. Deseo de Cooperación con otras Asociaciones: Para incrementar su eficacia y su eficiencia, Matres Mundi busca la cooperación con otras Asociaciones y/o movimientos sociales con los cuales comparta fines e ideario.
10. Vocación académica: Por su historia, fines y base social, Matres Mundi tiene una vocación académica que justifica la mayoría de sus actividades no asistenciales. De ahí, sus relaciones orgánicas con la mayoría de las Sociedades y Asociaciones nacionales e internacionales de Medicina Perinatal.